Mit deiner Begründung kann man aber bei jeder Abkürzung den Artikel frei wählen
Nein, das ist so nicht ganz richtig. Wir machen beide das gleiche, nur in unterschiedliche Richtungen angewandt.
Ich beziehe mich bei die GUI auf das "I" - also auf das englische Interface, übersetze es aber ins Deutsche, weil wir ja Deutsch sprechen. Interface heißt nunmal Schnittstelle und das ist weiblich. Daher für mich: die Schnittstelle, wobei das Wort "Gui" schon fast ein Synonym für "die Benutzeroberfläche" ist.
Ähnliche Praktiken wenden wir auch bei vielen der neumodernen Wörter an (Beispiel: Laptop, Notebook).
Im Deutschen gibt es eben kein Wort, das Interface heißt, wir mischen.
Du nimmst das englische Wort Interface her, das dort sächlich ist und leitest daher auf das GUI ab, was ich durchaus nachvollziehen kann. Wenn man es aber genau nimmt, liegen wir alle ziemlich falsch. Weil entweder reden wir Englisch, oder wir reden Deutsch und verwerfen die Anglizismen. Dann sind wir wieder bei die GBO.
Wobei ich noch zu guter Letzt ins Feld führen möchte, dass zwischen deutschem Deutsch und österreichischem Deutsch (oder noch besser: Österreichisch) auch noch mal Unterschiede auftauchen, die oben genanntes Thema beeinflussen. Beispiele: der, die oder das Butter, Bonbon, Gully, Körperteil?